Para encriptar contraseñas usando md5 desde consola linux ejecutamos el comando

mkpasswd -m md5 LOQUEQUEREMOSENCRIPTAR

y nos devuelve la frase encriptada

\$1\$NGTeks8a\$gyd5JaQZkX3LT8N381jXL0

esto lo usamos para encriptar las claves del ftp por ejemplo.